El Instituto Nacional del Tórax se define como autogestionado en red de alta complejidad desde enero del 2007

Los establecimientos autogestionados en red corresponden a los establecimientos asistenciales de mayor complejidad técnica, desarrollo de especialidades, organización administrativa y número de prestaciones, que hayan sido debidamente certificados por las autoridades  conforme los procedimientos correspondientes.

Estos establecimientos deberán contar con procedimientos de medición de costos, de calidad de las atenciones prestadas y de satisfacción de los usuarios. Para el cumplimiento de sus fines y funciones, los establecimientos autogestionados cuentan con una amplia gama de atribuciones, radicadas en su director, de modo de permitirles, desde el punto de vista funcional, una administración adecuadamente autónoma (desconcentrada).