La alta complejidad es definida por la nueva ley en cinco puntos que se indican a continuación:

• Dedicarse a la atención de una especialidad
• Ser Centro formador
• Realizar investigación clínica
• Ser centro de referencia nacional
• Tener alta complejidad técnica

El Instituto es actualmente centro de referencia nacional de las patologías torácicas de alta complejidad, lo que significa recibir pacientes derivados de cualquier centro hospitalario del país (tanto de atención pública como privada). Esto implica que existe un flujo constante de pacientes desde y hacia el hospital, pudiendo programar las asistencias y asegurar mejores y mayores prestaciones. A su vez, el ser centro de referencia presenta la fortaleza en el potencial de aprendizaje y stock de experiencia, así como en la imagen pública de ser un centro altamente especializado.